В зависимости от того, имеет ли NTFS индексы каталогов, все должно быть в порядке с уровня приложения .
Я имею в виду, что открытие файлов по имени, удаление, переименование и т. Д. Программным образом должно работать хорошо.
Но проблема всегда в инструментах. Сторонние инструменты (такие как MS explorer, ваше средство резервного копирования и т. Д.), Вероятно, будут отстойными или, по крайней мере, крайне непригодными для использования с большим количеством файлов в каталоге.
Все, что выполняет сканирование каталогов, может быть довольно медленным, но, что еще хуже, некоторые из этих инструментов имеют плохие алгоритмы, которые не масштабируются даже до скромного (10k +) количества файлов в каталоге.