Я не думаю, что вы можете указать MSBuild на файл проекта и попросить его создать этот проект и одновременно добавить еще один файл. Я бы либо обновил файл .vcproj, включив в него файл, который вы пытаетесь добавить, либо выбрал бы подход редактирования на основе сценариев. На самом деле, я бы, вероятно, просто изменил файл .vcproj, так как думал, что это более безопасный подход и с меньшей вероятностью что-то сломается.