В свойствах проекта (щелкните правой кнопкой мыши на проекте => Свойства => Ресурс) есть раздел Кодировка текстового файла.
Вы настроили здесь кодировку? Если нет, у вас есть два варианта: «Унаследовано от контейнера» (которое должно быть рабочим пространством по умолчанию, в вашем случае UTF-8) и «Другое», которое позволяет вам выбрать конкретную кодировку (ISO-88591) ...
Я только что проверил это на одном из моих проектов, закрыл и снова открыл, и кодировка ISO88591 все еще настроена.
Обратите внимание, что я использую обычный Eclipse, а не проект PDT. PDT может обрабатывать настройки кодирования по-разному, но почему-то я сомневаюсь, что (кодирование файлов является функциональностью низкого уровня, имеет смысл, что все плагины разделяют это поведение).