Я бы сказал, что вы могли бы назвать (из вашего кода Java) другим процессом для выполнения скрипта PHP, а затем использовать вывод этого скрипта PHP в своем коде Java - но это, конечно, не так оптимально, и не позволит вам вызывать только одну функцию PHP.
Использование кода Java и PHP в одном приложении кажется немного сложным, и я никогда не видел, чтобы это было сделано - и не использовалось каким-либо образом; поэтому я, вероятно, переписал бы код PHP на Java (или код Java на PHP) , поэтому все приложение написано только на одном из этих двух языков.
Я никогда не пробовал, но возможно возможно будет использовать Quercus - см., Например: интеграция java и php
Кажется, что он способен запускать Drupal (популярная PHP CMS; это означает, что довольно много функций) : Запуск Drupal 6.2 на Resin 3.1.6 ; так что я бы сказал, что это стоит посмотреть ...