Следует рассматривать ход как копию и удаление. Это было бы эквивалентно тому, как SVN обрабатывает движения. Проверьте, действительно ли он считает, что это новый файл, или считает, что это скопированный файл. При просмотре истории файла должна быть возможность просмотра истории, сохраняющейся в копиях.