По каким причинам вы хотите разместить службу wcf в службе Windows, а не в IIS?
Одна из причин заключается в том, что IIS6 поддерживает только привязки на основе HTTP. Если вы хотите использовать TCP, MSMQ и т. Д., То вам нужно разместить его в отдельной программе.
[редактировать]: больше очков