Вы можете сделать так, чтобы командный файл добавил вашу переменную в ваш файл bash.bashrc, чтобы создать переменные окружения bash, например:
export croot=/cygdrive/c
Затем вы получаете доступ к этой переменной croot следующим образом:
export cc=$croot/CC
или
alias cdcc='cd $croot/CC'
Путь на моей машине C:\cygwin\etc\bash.bashrc
... ваш может отличаться.
Обратите внимание, что переменная не будет доступна при запуске сеансов cygwin, только новые.