Linq to SQL - это ORM, сопоставитель объектных отношений. Entity Framework - это также ORM, и хотя может показаться, что Entity Framework является естественным развитием L2S, на самом деле они были разработаны параллельно и довольно сильно отличаются друг от друга. Например, L2S не будет работать ни с какой другой базой данных, кроме MSSQL, тогда как структура сущностей будет работать с большинством баз данных.
Инфраструктура сущностей позволяет вам использовать вашего собственного поставщика данных, поэтому поставщик будет в большой степени полагаться на то, какую базу данных вы хотите использовать, и есть ли для нее доступный поставщик. Если вы еще не выбрали базу данных, вам нужно будет сначала взвесить все за и против (а затем, вероятно, перейти на MSSQL, потому что это проще, если вы разрабатываете с .NET).
Учитывая вашу предпочтительную форму MSSQL, ваш дизайн базы данных будет иметь большое влияние на то, хотите ли вы использовать ORM. Linq to SQL L2S все еще хорошо используется в сообществе разработчиков, но я не уверен относительно его будущего. Linq to Entities (или структура сущностей) является относительно новой, но с версии 4.0 я считаю, что она гораздо более готова для бизнеса и хорошо поддерживается. Вы также можете рассмотреть NHibernate, если вам нравится опция с открытым исходным кодом (и тяжелая работа). Настройка сложнее, но зачастую стоит усилий для сложных доменов.