Я не уверен, как это сделать в установщике, но любой файл, созданный вами из приложения, будет сохранен в случае удаления.
Если вы можете выдержать это, возможно, вы могли бы создать эти файлы для первоначальной инициализации в вашем приложении.
Конечно, это может привести к другим проблемам (разрешениям на создание файла), но это может быть проще, чем бороться с настройкой загадочного установщика.