Вы можете зарегистрировать один идентификатор приложения App Engine, и каждый подкаталог будет выполнять разные действия. Например, все URL-адреса в / app1 выполняют одно действие, а все URL-адреса в / app2 выполняют одно действие.
Тем не менее, они должны будут быть развернуты вместе, и будут разъедать в той же квоте. Фактически это будет одно приложение с URL-адресами, которые делают две совершенно разные вещи.
В противном случае, как говорит Тейлор, вы можете иметь только отдельные субдомены (либо на appspot.com, либо как субдомены на своем собственном домене)