Я думаю, что самый простой способ для этого:
1) экспортировать текущий список контактов в CSV
2) добавьте его как новый лист в ваш текущий файл Excel
3) перекрестная ссылка, какие строки присутствуют между обоими (используйте vlookup или match по любым критериям, которые вы используете для определения дубликатов)
4) отфильтруйте результаты так, чтобы отображались недубликаты, и сохраните их как новый файл CSV
5) импортировать новый csv-файл с помощью интерфейса пользователя sugarcrm
надеюсь, это поможет