Лично я бы никогда не разработал сайт за пределами фреймворка для чего-то большего, чем одностраничный сайт для брошюр. Я работаю намного быстрее внутри фреймворка.
Я разработчик Python / Django, но вот мое мнение.
Я сделал несколько небольших не-фреймворковых сайтов с PHP, и я не знаю, как PHP-фреймворки сравниваются с DJango, но если они похожи, то факт остается фактом: я гораздо более опытный в разработке, чем кодировать что-то с нуля вручную.
Это помогает мне оставаться организованным, если не что иное, как дать мне VC MVC. Django предоставляет мне множество встроенных инструментов, таких как обработка форм, которые значительно облегчают мою жизнь даже для небольших сайтов.
Я собираюсь предположить, что PHP-фреймворки предоставляют похожие вещи, может быть, и нет.
Вы также не можете предвидеть, как сайт будет расти со временем. Проще поддерживать что-то встроенное в фреймворк, и если вам когда-нибудь понадобится расширить сайт в будущем, было бы неплохо иметь некоторую структуру за этим.