Нет, вы не можете этого сделать, Sync Framework предназначен для синхронизации данных с сервера на ПК пользователя и обратно. Хотя он может синхронизироваться между серверами, лучше использовать механизм репликации SQL2008 или сторонний API, такой как Redgates SQLcompare, с которым вы можете работать программно.