У меня была такая же проблема с поврежденным пакетом VS. Попытки напрямую проанализировать xml довольно болезненны, поэтому в процессе устранения вы можете решить проблемы, выполнив такие вещи, как перемещение одного объекта в контейнер и из него, поскольку это, похоже, устраняет проблемы с потерянными ссылками в dtsx.
Параметр «большая красная кнопка» предназначен для воссоздания пакета, который менее труден, чем кажется: вы можете просто скопировать компоненты вставки между двумя сеансами VS, и вы, возможно, обнаружите контейнер, вызывающий проблему, таким образом.
К сожалению, нет средства для автоматизации этого: SSIS - просто незаконченный и необычный продукт.