Вам понадобится полный контроль над сервером, поскольку это считается очень небезопасным. Вряд ли служба хостинга позволит вам это сделать.
<script language="VBScript">
Sub Scan
Set objShell = CreateObject("Wscript.Shell")
'objShell.Run "C:\MyApp.exe"
objshell.Exec "C:\MyApp.exe"
End Sub
</script>
Здесь - статья, объясняющая весь процесс.