Благодаря хорошему ответу Матье Шато я обнаружил, что файл applicationHost.config можно редактировать вручную, чтобы избежать необходимости экспортировать и импортировать машинный ключ, используемый для кодировки. Я просто вручную установил для всех идентификаторов пула приложений идентификатор пула приложений по умолчанию, например:
<add name="local.com">
<processModel identityType="ApplicationPoolIdentity" loadUserProfile="true" setProfileEnvironment="false" />
</add>
Я обновил список пулов приложений в пользовательском интерфейсе диспетчера IIS, и все, казалось, работало просто отлично, включая возможность редактировать настройки пула приложений для другого удостоверения. Я ожидаю, что любое другое изменение свойств также будет работать нормально.