Посмотрите на OSQL. Эта утилита позволяет запускать SQL из командной строки. В систему легко установить, я думаю, что она поставляется с бесплатным SQL Server Express.
Использование утилиты osql
Поиск qick «OSQL» при переполнении стека показывает, что доступно много вещей.
Главное, что нужно правильно обработать, это параметры учетной записи пользователя и пароля, которые передаются в командной строке. Я видел командные файлы, которые используют права доступа к файлам NT для управления файлом с помощью пароля, а затем использовали содержимое этого файла для запуска сценария. Вы также можете написать быструю программу на C # или VB для ее запуска с использованием класса Process.