Если вам когда-либо нужно изменить только ту строку, которую вы сейчас пишете, вы можете написать символ "\ r", который перемещает курсор в начало строки, не переходя на следующую строку. Оттуда вы можете переписать всю строку. Например:
A B C D E F G\rA B C X Y
, вероятно, будет отображаться (по крайней мере в системе UNIX)
A B C X Y F G
Если вам требуется межплатформенность или редактирование старых строк, вы, вероятно, начинаете проникать на территорию Curses -подобной библиотеки. Я не могу предложить какие-либо конкретные для Java там, но вы можете осмотреться ...