Все зависит от того, какое приложение для настройки вы используете - более продвинутые создатели MSI, такие как Wise, имеют опции конфигурации для сборок .NET. Если у вас нет чего-то подобного, вам придется отключить командные строки для regasm, чтобы зарегистрировать компонент .net и caspol для настройки безопасности.