wsgi
обычно предпочтительнее, потому что он отделяет ваш выбор фреймворка от вашего выбора веб-сервера: если завтра вы захотите перейти, скажем, с Apache на nginx, или что-то еще, с wsgi это легко сделать, но не так иначе легко.
Более того, использование wsgi дает вам возможность добавить некоторое промежуточное программное обеспечение, которое не зависит от фреймворка, вместо того, чтобы полагаться на все возможные функции, которые вы хотите, уже реализованные и предоставленные для выбранной вами фреймворка.