Это то, что не реализовано в Code :: Blocks как таковом.
Целевые исполняемые файлы запускаются либо непосредственно из IDE (без консоли), либо через программу consolerunner, которая вызывает любой подходящий терминал (например, cmd под Windows, xterm под Linux) и при необходимости запрашивает ключ после завершения процесса вышел. Какой это (терминал или нет терминала) зависит от поля «Тип» в окне «Свойства» проекта (вкладка «Построить цели»).
Однако, если вы абсолютно этого хотите, вы можете получить эффект запуска в окне журнала косвенно , выполнив вашу программу как шаг после сборки. В этом случае stdout и stderr вашей программы будут отображаться на вкладке журнала сборки.