Можно установить разные диапазоны для y и y2 (правые оси) и даже установить цвет меток / тиков независимо.
Затем мы просто делим вторую функцию на 2 (или что-то подходящее) и устанавливаем цвета ... как в этом примере:
set xrange [-10:10]
set yrange [-20:20]
set y2range [-40:40]
set ytics 10 nomirror tc lt 1
set ylabel '2*x' tc lt 1
set y2tics 20 nomirror tc lt 2
set y2label '4*x' tc lt 2
plot 2*x linetype 1, 4*x/2+.5 linetype 2