Прежде всего, рассмотрите возможность использования Ant для такой задачи.
Но так как вы запросили ручной процесс, вам необходимо сначала создать файл манифеста , например:
Manifest-Version: 1.0
Created-By: 1.6.0 (Sun Microsystems Inc.)
Class-Path: lib/jdbc.jar lib/otherlib.jar
Main-Class: com.name.app.MainClass
Замените содержимое Class-Path вашими библиотеками, а Main-Class - полным именем вашего основного класса.
Затем вам нужно сгенерировать настоящий .jar, используя следующую команду:
jar cfm app.jar MANIFEST.MF src/com/name/app/*.class src/com/name/app/do/*.class
Где MANIFEST.MF - ранее упомянутый файл манифеста, а остальные - папки, в которых находятся ваши классы .java.
Наконец, чтобы запустить приложение, вы просто выполните: java -jar app.jar
.