Вы можете попытаться проанализировать HTML и CSS и найти известные проблемы, например, инструмент «lint». Но в браузере так много ошибок (особенно в IE6), что вряд ли вы все так найдете.
Другим способом будет загрузка фактических экземпляров каждого из целевых браузеров и создание сценариев для загрузки указанного URL. Затем вы могли бы внедрить JavaScript для обхода их DOM, считывая относительные к странице позиции каждого элемента (используя свойства offset*), и отмечать любые элементы, чьи позиции / размеры сильно различаются в разных браузерах. Вы также хотели бы отлавливать и записывать любые необработанные ошибки JS, например, через window.onerror.