Проверьте, что загружаемый файл имеет доброкачественное расширение (.gif, .mp3 и т. Д.) - и удалите все остальное. Для дополнительной защиты сохраните оригинальное имя файла в базе данных (для дальнейшего использования), затем зашифруйте имя файла (и сохраните его). Таким образом, все, что было загружено, не может быть найдено загрузчиком по имени файла.