Не думаю, что будет иметь большое значение, используете ли вы ASP.NET Ajax или jQuery. Что может иметь значение, так это то, какие данные возвращаются и в каком формате, например, в XML, HTML или JSON.
Например, может быть более эффективно возвращать облегченный объект JSON из вызова Ajax, а не большой документ XML: вы всегда можете отслеживать размер ответа Ajax с помощью Firebug или чего-то подобного.
Вам, вероятно, придется оценивать каждый сценарий по достоинству.