Чтобы обобщить решение @ xiechao (@ hadley's не работает в последнем ggplot), вы можете изменить порядок коэффициентов для достижения этого:
library(ggplot2)
data(mtcars)
mtcars$gear <- factor(mtcars$gear) # First make factor with default levels
mtcars$gear <- factor(mtcars$gear, levels=rev(levels(mtcars$gear)))
qplot(cyl, data=mtcars, geom="bar", fill=gear)
# Or with ggplot
ggplot(mtcars, aes(factor(cyl), fill=gear)) + geom_bar()