Если вы хотите, чтобы ваши пользователи могли выбирать файлы в рабочей области Eclipse с определенным расширением, вы можете посмотреть на класс org.eclipse.ui.dialogs.ElementTreeSelectionDialog (org.eclipse.ui.dialogs плагин) как начало.
Затем, чтобы получить пример того, как заставить его фильтровать расширения, вы можете взглянуть на класс org.eclipse.jdt.internal.ui.viewsupport.FilteredElementTreeSelectionDialog (org.eclipse.jdt.ui плагин), чтобы увидеть, как они это делают, а затем переопределить материал.
Это должно дать вам более высокий уровень действия, чем бросать файлы внутри проектов вручную и переопределять диалоги.