Существует ряд инструментов, которые преобразуют ваш php-источник в байт-код и позволят вам защитить ваш исходный код. Некоторые из наиболее популярных - Zend Guard от Zend и Ion Cube. Вам все еще понадобятся соответствующие загрузчики, установленные на целевом сервере, чтобы они могли функционировать.