Во-первых, ваши данные неверны. Функция принимает в качестве аргумента массив массивов.
Обратите внимание на строку
foreach (array_keys($data[0]) as $key) {
... этот вызов функции также неверен; он НЕ должен брать первый элемент, он должен брать весь массив, так как он использует ключи из массива.
Попробуйте: сначала измените вызов array_keys, чтобы использовать весь массив, т.е.
foreach(array_keys($data AS $key)
затем измените ваш ввод и вызов функции:
$data= array(
'data1' => array('one','two','three'),
'data2' => array('four','five','six'),
'data3' => array('seven','eight','nine')
);
echo render_table($data);