Я не понимаю, что вы подразумеваете под "Active Directory, для которой нужен IIS6". Я работал над классическим проектом ASP (не ASP.Net) несколько лет назад, работая под управлением IIS5 под XP, в котором использовался Active Directory. В MSDN есть статья , в которой объясняется, как создавать учетные записи AD для IIS5.
Пожалуйста, объясните более подробно, что вы пытаетесь сделать, а что не работает в IIS5.