Если вы хотите приложение с двойным кликом, вы можете использовать AppleScript для запуска сценария оболочки, а затем приложения. Редактор AppleScript позволяет сохранить сценарий как приложение .app. Самое простое, что сработало бы:
tell application "Terminal"
do script with command "cd /Users/justin/Desktop; ./app.sh; java myApp"
end tell
Файл -> Сохранить как и выберите «Приложение» в разделе «Формат файла».
РЕДАКТИРОВАТЬ: еще проще, вы можете выполнить сценарий оболочки из Java-приложения ... Хотя зависит от того, что вы пытаетесь достичь.