Я понял, что он ищет файлы, которые находятся в каталоге propel / generator, но в качестве базового каталога использовал текущий рабочий каталог (у меня propel-gen есть ссылка на / usr / bin, поэтому я могу запустить его из в любом месте).
Решение (вроде дрянного) состоит в том, чтобы просто перейти в каталог propel / generator и запустить оттуда сборку, поэтому он использует этот каталог в качестве базового пути.