Хм ... назовите меня скучным парнем, но что не так с использованием Launch4J или любого другого родного лаунчера, например.
Используйте встроенную программу запуска, чтобы проверить версию JVM перед тем, как запускать код. Решения только для Java (в моей книге) имеют смысл только тогда, когда вы имеете дело с разработчиками; как только вы поразите конечных пользователей, вы поймете, что они вообще не заботятся о Java или ее технических деталях. Если бы вы написали свое приложение на GW-Basic, им было бы наплевать, пока ваше приложение работает.
Если Java 1.6 не установлена, lauchner4j укажет пользователю на страницу загрузки JDK 1.6. Это, вероятно, больше подходит для вашей проблемы, чем магия в Java.