Вы также можете использовать что-то вроде this для оценки вашего скрипта Matlab непосредственно в Java, а затем использовать результаты для создания своего графика с помощью Swing.
Редактировать
Как отметил Джефф Стори в своем комментарии, предложенный метод, конечно, используется для онлайн-оценки в среде Java.
Если вы хотите выполнить вычисления в Matlab и просто отобразить диаграмму в Java, то я бы предложил сохранить значения диаграммы в файле (например, в файле .mat или просто в двоичном файле), а затем использовать библиотеку диаграмм Java ( как JFreeChart ), чтобы нарисовать график.
Я бы не рекомендовал сохранять диаграмму в виде файла изображения с использованием Matlab, а затем загружать ее из Java для отображения. Возможно, размер файла будет больше, а качество будет значительно ухудшено по сравнению с вышеупомянутыми методами.