WiX не имеет шаблона xmlLocator, поэтому вам придется написать собственное действие для чтения набора данных в свойствах. Оттуда это зависит от того, что вы подразумеваете под изменением функций. Вы просто имеете в виду скрыть, установить или не устанавливать функцию, или вы думаете о чем-то более динамичном?
Если первое, вы можете использовать свойства, загруженные вами в элементы Condition, чтобы изменить installLevel функций относительно вашего свойства INSTALLLEVEL. Если у вас есть что-то более сложное (маловероятно), вам придется использовать настраиваемое действие для создания временных строк в таблице Feature / FeatureComponents.