Вы можете передать переменную среды PERL5OPT в строке shebang:
#!/usr/bin/env PERL5OPT=-T perl
Мне кажется, что это довольно задом наперед.
Другой вариант - повторно запустить скрипт в режиме taint, если вы обнаружите, что он не включен:
#!/usr/bin/env perl
warn 'Taint mode is '.(${^TAINT} ? 'on' : 'off'); # For debugging
exec($^X,'-T',$0,@ARGV) unless ${^TAINT};
# do stuff under taint mode here
Очевидно, что это главный удар по производительности при запуске.