Не похоже, что вы можете создать ярлык для произвольных элементов, используя проект установки VS. Я считаю, что это можно сделать с помощью WiX или других инсталляторов, которые дают вам больше гибкости в ваших проектах установки, но вы платите за это с большей сложностью в проекте инсталлятора.
Вы можете создавать ярлыки для любых файлов, которые являются частью вашей программы установки (например, первичный вывод, папки), первичный вывод и папки - это не единственные две опции, но файлы, на которые вы собираетесь указать ярлык, должны быть частью проекта установки.