У вас будут проблемы, если вы не развернете это правильно.
Первый вопрос: это проект веб-приложения? Я не понимаю, как это может быть, если у вас нет DLL.
Поэтому предположим, что это проект веб-сайта. В этом случае вы должны просто удалить новый файл code-behind (или aspx, если он встроенный) поверх существующего. (Я не должен был говорить вам сначала сделать резервную копию)
Если вы уроните файл кода в App_Code и он продублирует класс, уже созданный в другом месте, у вас возникнут проблемы. Не делай этого.