Поддерживает ли IE 9 кодирование изображений Base64?
Вы имеете в виду base64 закодировать данные: uri? IE8 поддерживает это с ограничениями - данные могут быть максимум 32K. Таким образом, IE9 определенно поддержит его.
См. Статью википедии на эту тему.
Поскольку IE 9 еще не выпущен (только бета-версия), мы не можем строго сказать Да , но если ничего не изменится до даты его выпуска, он будет поддерживать его.