Что-то в этом роде?
allUsers.Select(u => new {UserID = u.UserID}).ToList().Select((u, index) => new {UserID = u.UserID, Index = index})
EDIT
Если вы хотите сделать дополнительную фильтрацию, сделайте это перед выполнением ToList ():
allUsers.Select(u => new {UserID = u.UserID}).AdditionalFilters().ToList().Select((u, index) => new {UserID = u.UserID, Index = index})
Если это не решение, пожалуйста, будьте более точны с тем, чего вы хотите достичь. Пример с данными или sql запросом был бы хорош.