Либо перехватите все, что напечатано во включаемом файле, через буферизацию вывода
ob_start();
include 'yourFile.php';
$out = ob_get_contents();
ob_end_clean();
или, альтернативно, установите возвращаемое значение в скрипте, например,
// included script
return 'foo';
// somewhere else
$foo = include 'yourFile.php';
См. Пример 5 из http://de2.php.net/manual/en/function.include.php