Я не очень знаком с пакетом Image_Canvas PEAR, но я попробовал его только сейчас и обнаружил, что setClipping будет работать, если вы добавите второй вызов к тому же методу без каких-либо параметров!
$Canvas =& Image_Canvas::factory((isset($_GET['canvas']) ? $_GET['canvas'] : 'png'), array('width' =>500, 'height' => 333, 'filename' => 'yourImage.jpg'));
$Canvas->setClipping(array('x0' => 10, 'y0' => 10, 'x1' => 200, 'y1' => 200));
$Canvas->image(array('x' => 0, 'y' => 0, 'filename' => './yourImage.jpg'));
$Canvas->setClipping();
$Canvas->show();