Разве целевая база данных "нормализованный формат отношений" не будет проверкой сама по себе? Ограничения NOT NULL, FK, UNIQUE, CHECK и т. Д. Сами по себе улавливают множество проблем.
Я бы предложил написать запросы для поиска отсутствующих или проблемных данных, и это полностью зависит от ваших таблиц и бизнес-логики.
РЕДАКТИРОВАТЬ после ОП комментария
За прошедшие годы я сделал несколько крупных преобразований, и я просто сделал несколько хранимых процедур, каждая из которых импортирует отдельную группу связанных таблиц и просматривает данные в них. Я обычно выводю кучу информации для каждой ошибки в данных в журнальные таблицы и продолжаю подсчитывать итоги для каждого вида ошибок данных (несоответствующие данные, которые были отклонены). Я бы работал с заказчиком над тем, как обрабатывать отклоненные данные. Возможно жесткая кодовая логика, чтобы данные соответствовали новым таблицам и т. Д. Я бы не стал беспокоиться о тестировании данных, а просто оформил процесс импорта и сообщил о проблемах. Если количество проблем (отклонений) невелико и приемлемо, все готово. Если нет, вы можете продолжать настраивать процесс импорта, пока не произойдет только приемлемое количество отклонений.