Собственно, ответ на этот вопрос демонстрирует, как вызвать Powershell из Java.
Если ваш скрипт Powershell - script.ps1, вы должны использовать
String cmd = "powershell C:\\path\\to\\your\\script\\script.ps1"
Runtime runtime = Runtime.getRuntime();
Process process = runtime.exec(command);
process.getOutputStream().close();
Мне кажется, это работает.