Похоже, проблема в том, что вы удалили каталог из репозитория, но не из рабочего дерева, поэтому при попытке проверить master
Git видит, что существует файл, который будет перезаписан. Я предполагаю, что вы хотели бы слить ветку и включить удаление в слияние; впоследствии этот каталог больше не будет отслеживаться Git, но он все равно будет храниться в вашей рабочей копии.
Вы можете сделать то, что вы описываете, или вы можете убрать этот каталог, проверить мастер, объединить вашу ветку, а затем переместить каталог обратно. Вы, вероятно, добавили бы .gitignore
правило и к этому каталогу, чтобы Git не продолжал перечислять его в статусе, или случайно не добавили его обратно в репозиторий.