FlockDB и neo4j совершенно разные.
FlockDB предоставляет возможности распределенного хранения, по-прежнему доверяя MySQL в качестве резервного хранилища; Предполагается, что он запрашивает и создает / обновляет ребра графа как можно быстрее.
neo4j реализует полный стек сервисов хранения; Предполагается, что он обеспечивает полный набор возможностей посещения Graphs, даже включая специализированную OO-инфраструктуру для простого написания сложных алгоритмов посещения Graph.
Хорошее введение в FlockDB можно найти здесь в блоге Twitter Engineering.