Профилировщик не должен мешать работе службы, и независимо от того, что вы указали в файле конфигурации, профилировщик должен работать.Поскольку профилировщик перехватывает практически каждый вызов метода в CLR, вы можете столкнуться с различными видами проблем параллелизма, которые вы обычно не видите во время стандартного выполнения;так что ваша служба использует многопоточность или она делает что-то особенное во время запуска?
Конечно, в профилировщике CLR также могут быть некоторые ошибки, поэтому попытка с другим профилировщиком также может дать вам то, что вы хотите - есть несколькобесплатные варианты там.