JPA ориентирован на отображение объектов Java в реляционных базах данных. App Engine не является реляционной базой данных. JDO более независим от бэкэнда, к которому вы сохраняете объекты, поэтому он лучше подходит.
Обновление: я должен упомянуть, что спор о JPA / JDO может иногда разгораться, как, например, в предыдущем вопросе .