У меня была такая же проблема. Найден обходной путь:
После того, как вы ввели имя ограничения внешнего ключа и выбрали ссылочную таблицу, нажмите « next » без выбора имен столбцов.
На этом шаге вы увидите скрипт создания sql нового ограничения.
Отредактируйте его вручную: введите имя столбца, на который указывает ссылка, и имя столбца fk.
Затем нажмите Готово. Сценарий будет выполнен.
Для повторной проверки попробуйте снова открыть окно изменения таблицы, и вы увидите, что флажок столбца теперь отмечен на вкладке внешнего ключа.